Später ist er der Lead Designer eines Projektes mit Codenamen Van Buren geworden, das im Jahr 2003 aufgehoben wurde und offenbarte Black Isle's Versuch auf die Entwicklung von Fallout 3. Während dieser Zeit hat er auch Fallout Bible erstellt.
Nach verlassen von Black Isle Studios, gründete Avellone zusammen mit Feargus Urquhart die Firma Obsidian Entertainment. Bei Obsidian hat Avellone an Titeln wie Star Wars: Knights of the Old Republic II, Neverwinter Nights 2 und dessen Erweiterung, Mask of the Betrayer (Maske des Verräters) gearbeitet und war Lead Designer am Titel Alpha Protocol. Er war Senior Designer bei Fallout: New Vegas.